Vislielākais burtu izmērs
Lielāks burtu izmērs
Burtu standarta izmērs
Genomikas un bioinformātikas laboratorija
Pēdējās izmaiņas veiktas:
07.09.2017

 

Vadītāja: Dr. biol. Natalia Paramonova

E-pasts: natalia.paramonova@lu.lv

Pētnieciskā interese
Pētniecība šajā laboratorijā ietver augu, dzīvnieku un cilvēka genomikas un bioinformātikas jomas un apvieno teorētiskos un lietišķos pētījumus:

- molekulāro marķieru sistēmas attīstīšana: mikrosatelīti (MS), SNP-marķieri (viena nukleotīda polimorfismi) un genomu mobilie elementi (transpozoni un retrotranspozoni) graudaugu kultūrās, galvenokārt miežos, un lauksaimniecības dzīvniekos (govīs un citos);

- ģenētiskās daudzveidības novērtēšana savvaļas un kultivētos miežos un lauksaimniecības dzīvniekos, izmantojot molekulāro marķieru genotipēšanu un haplotipu analīzi;

- ar marķieriem saistītas selekcijas (marker assisted selection, MAS) pielietošana miežu un lauksaimniecības dzīvnieku audzēšanas programmās;

- jaunu polimorfismu atrašana miežu un govju ekonomiski svarīgu iezīmju kandidātgēnos, izmantojot genomiskās DNS sekvencēšanu;

- genomisko saitu, kas iesaistīti kodola pārkārtošanā miežu auga attīstības laikā, identificēšana un raksturošana;

- asociāciju pētījumi kandidātgēnu polimorfismiem, kas saistīti ar cilvēku kardiovaskulārām, autoimūnām un metabolām slimībām.

Aprīkojums

Laboratorija ir iekārtota atbilstoši mūsdienu prasībām molekulārģenētiskiem pētījumiem, ietverot DNS genotipēšanu, klonēšanu un gēnu ekspresijas analīzi.

Projekti

Ar preasomām saistīto multiplās sklerozes ģenētisko, epiģenētisko un klīnisko marķieru noteikšana. Nr. 1.1.1.1/16/A/016 (2017.-2020.). Projekta zinātniskais vadītājs Nikolajs Sjakste.

2010.– 2011.               Latvijas un Francijas (CNRS nodaļa UMR-8126) projekts OSMOSE „Functional significance of the repeats in 14q13.2 and 4q35 regions predisposed to human pathologies”

2007.– 2008.               NordPlus Neighbour Nordic-Baltic tīkla sadarbības projekts “Genomics for all:bringing new tools to breeders”

2013.– 2015.               ESF 2013/0043/1DP/1.1.1.2.0/13/APIA/VIAA/002.projekts „Jaunas starpnozaru grupas izveide efektīvu diabētiskas neiropātijas ārstēšanas līdzekļu meklējumiem”

2011. – 2013.              ERAF 2010/0315/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/026project „Autoimūno slimību agrīnās diagnostikas metodes izstrāde”

2011. – 2013.             Taiwan – Latvia – Lithuania cooperation project “Proteasomal gene alleles as risk factors for bronchial asthma in Latvian, Lithuanian and Taiwanese populations”

 1.VPP 2014/VPP2014-2017, 7. programma – Lauksaimniecības resursi ilgtspējīgai kvalitatīvas un veselīgas pārtikas ražošanai Latvijā (AgroBioRes), Apakšprojekts VP29.3. Vietējas izcelsmes slaucamo govju un cūku saimnieciski nozīmīgo pazīmju ģenētiskā izpēte kvalitatīvu pārtikas produktu ražošanai un dabīgas izcelsmes barības sastāvdaļu izstrāde un pārbaude (LOPKOPĪBA)

 2.VPP 2014/VPP2014-2017, BIOMEDICINA, Apakšprojekts „DNS reparācijas fermentu molekulārģenētiskā un farmakoloģiska izpēte saistība ar metabolām slimībām”

 Latvijā un ārvalstīs uzturētie patenti

 1.“1,4-Dihidropiridīna atvasinājums DNS pārrāvumu novēršanai cukura diabēta apstākļos”
Autoru sarakts: Evita Rostoka, Jeļizaveta Sokolovska, Nikolajs Sjakste, Tatjana Sjakste, Kristīne Ošiņa. (Nr. P-15-89; OSI-2015-007)

2.“A method and a kit suitable for determining that a human subject has or is at risk of developing type 1 diabetes mellitus”

Autoru sarakts: Tatjana Sjakste, Natalia Paramonova, Nikolajs Sjakste
(European Patent Office, 80298 Minhene, Vācija; nr: 13192748.5-1404; ref. nr. LAP 2/2456)
Statuss: ekspertīze

 Nozīmīgākās publikācijas

GERMINI, D., SAADA, Y. B., TSFASMAN, T., OŠIŅA, K., ROBIN, C., LOMOV, N., RUBTSOV, M., SJAKSTE, N., LIPINSKI, M.and VASSETZKY, Y., 2017. A One-Step PCR-Based Assay to Evaluate the Efficiency and Precision of Genomic DNA-Editing Tools. Molecular Therapy-Methods & Clinical Development, 5, 43-50.

SJAKSTE, N., 2017. Experimental and human population studies of DNA lesions in healthy individuals. Biopolymers and Cell, 33(1), pp. 24–33.

DOKĀNE, K., MEGRE, D., LAZDĀNE, M. and KONDRATOVIČS, U., 2017. Influence of the Calcarisporium arbuscula Preuss on in vitro growth and ex vitro adventitious rooting of two elepidote rhododendron cultivars. Propagation of Ornamental Plants, 17(2):39-47.

GERMINI, D., SAADA, Y.B., OŠIŅA, K., TSFASMAN, T.,  ROBIN, C., SJAKSTE, N., LIPINSKI, M. and VASSETZKY, Y., 2016. A one-step PCR-based assay to evaluate efficiency and precision of genomic DNA-editing tools. Molecular Therapy - Methods & Clinical Development. 2016. PRESS

LEONOVA, E., SOKOLOVSKA, J., BOUCHER, J.-., ISAJEVS, S., ROSTOKA, E., BAUMANE, L., SJAKSTE, T. and SJAKSTE, N., 2016. New 1,4-Dihydropyridines Down-regulate Nitric Oxide in Animals with Streptozotocin-induced Diabetes Mellitus and Protect Deoxyribonucleic Acid against Peroxynitrite Action. Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology,119(1), pp. 19-31.

OŠIŅA, K., ROSTOKA, E., ISAJEVS, S., SOKOLOVSKA, J., SJAKSTE, T. and SJAKSTE, N., 2016. Effects of an Antimutagenic 1,4-Dihydropyridine AV-153 on Expression of Nitric Oxide Synthases and DNA Repair-related Enzymes and Genes in Kidneys of Rats with a Streptozotocin Model of Diabetes Mellitus. Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology, .PRESS

SJAKSTE, T., KALNINA, J., PARAMONOVA, N., NIKITINA-ZAKE, L. and SJAKSTE, N., 2016. Disease-Specific and Common HLA and Non-HLA Genetic Markers in Susceptibility to Rheumatoid Arthritis, Type 1 Diabetes Mellitus and Multiple Sclerosis. Journal of Molecular and Genetic Medicine2016.

RAZIN, S.V., IAROVAIA, O.V, SJAKSTE, N., Sjakste, T., Bagdoniene, L., Rynditch, A.V., Eivazova, E.R., Lipinski, M., Vassetzky, Y.S. 2016. Chromatin domains and regulation of transcription. J Mol Biol. IN PRESS.

OŠIŅA, K., ROSTOKA, E., SOKOLOVSKA, J., PARAMONOVA, N., BISENIEKS, E., DUBURS, G., SJAKSTE, N. and SJAKSTE, T., 2016. 1,4-Dihydropyridine derivatives without Ca2+-antagonist activity up-regulate Psma6 mRNA expression in kidneys of intact and diabetic rats. Cell biochemistry and function, 34(1), pp. 3-6

PARAMONOVA, N., WU, L.S.S., RUMBA-ROZENFELDE, I., WANG, J.-., SJAKSTE, N. and SJAKSTE, T., 2014. Genetic variants in the PSMA6, PSMC6 and PSMA3 genes associated with childhood asthma in Latvian and taiwanese populations. Biopolymers and Cell, 30(5), pp. 377-387.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., RUMBA-ROZENFELDE, I., TRAPINA, I., SUGOKA, O. and SJAKSTE, N., 2014. Juvenile idiopathic arthritis subtype- and sex-specific associations with genetic variants in the PSMA6/PSMC6/PSMA3 gene cluster. Pediatrics and Neonatology, 55(5), pp. 393-403.

ZEMECKIENE, Z., SITKAUSKIENE, B., GASIUNIENE, E., PARAMONOVA, N., TAMASAUSKIENE, L., VITKAUSKIENE, A., SJAKSTE, T. and SAKALAUSKAS, R., 2015. Evaluation of proteasomal gene polymorphisms in Lithuanian patients with asthma. Journal of Asthma, 52(5), pp. 447-452.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., TRAPIŅA, I., OŠIŅA, K., PARAMONOVA, N. and SJAKSTE, N., 2015. Changes in glucose transporter expression and nitric oxide production are associated with liver injury in diabetes. Cell biochemistry and function, 33(6), pp. 366-374.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., WU, L.S., ZEMECKIENE, Z., SITKAUSKIENE, B., SAKALAUSKAS, R., WANG, J.-. and SJAKSTE, N., 2014. PSMA6 (rs2277460, rs1048990), PSMC6 (rs2295826, rs2295827) and PSMA3 (rs2348071) genetic diversity in Latvians, Lithuanians and Taiwanese. Meta Gene, 2(1), pp. 283-298.

KUPCA, S., SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N,. SUGOKA, O., RINKUZA, I., TRAPINA, I., DAUGULE, I., SIPOLS, A.J., and  RUMBA-ROZENFELDE, I., 2013. Association of obesity with proteasomal gene polymorphisms in children. J Obes. 2013;2013:638154. doi: 10.1155/2013/638154. Epub 2013 Dec 21. PubMed PMID: 24455213; PubMed Central PMCID: PMC3880696.

ZEMECKIENE,  Z., VITKAUSKIENE, A., SJAKSTE, T., SITKAUSKIENE, B. and SAKALAUSKAS, R., 2013. Proteasomes and proteasomal gene polymorphism in association with inflammation and various diseases. Medicina (Kaunas), 49(5), pp 207-213. PubMed PMID: 24247915.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N. and SJAKSTE, N., 2013. Functional significance of microsatellite markers. Medicina-lithuania 49(12) pp. 505-509 

WU, LS., SJAKSTE, T., SAKALAUSKAS, R., SITKAUSKIENE, B., PARAMONOVA, N. ,GASIUNIENE, E.,  JAN, RL. and WANG, JY., 2012. The burden of allergic asthma in children: a landscape comparison based on data from Lithuanian, Latvian, and Taiwanese populations. Pediatr Neonatol, 53(5), pp 276-282.

SJAKSTE, N., BIELSKIENE, K., BAGDONIENE, L., LABEIKYTE, D., GUTCAITS, A., VASSETZKY, Y. and SJAKSTE, T., 2012. Tightly bound to DNA proteins: possible universal substrates for intranuclear processes. Gene,  492(1), pp 54-64.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHAPIROVA, J., LAUBERTE, L., ISAJEVA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N., 2012. Comparison of the Effects of Glibenclamide on Metabolic Parameters, GLUT1 Expression, and Liver Injury in Rats With Severe and Mild Streptozotocin-Induced Diabetes Mellitus. Medicin, 29(1), pp 55-63

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., GRISLIS, Z., TRAPINA, I. and KAIRISA, D., 2011.  Analysis of the single-nucleotide polymorphism in the 5'UTR and part of intron I of the sheep MSTN gene. DNA Cell Biol.,  30(7), pp 433-44. Epub 2011 Feb 16. PubMed PMID: 21323579

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHARIPOVA, J., LAUBERTE, L., SVIRINA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N. (2011) Correction of glycaemia and GLUT1  level by mildronate in rat streptozotocin diabetes mellitus model. Cell Biochem Funct.,  29(1), pp 55-63. PMID: 21264891

KALENDAR, R., FLAVELL, A.J., ELLIS, T.H., SJAKSTE, T. and MOISY, C., 2011. Schulman AH.Analysis of plant diversity with retrotransposon-based molecular markers. Heredity,106(4), pp 520-530. PubMed PMID: 20683483; Central PMCID: PMC3183911.PMID:22001404.

SJAKSTE, N., BAGDONIENE, L., GUTCAITS, A., LABEIKYTE, D., BIELSKIENE, K., TRAPINA, I., MUIZNIEKS, I., VASSETZKY, Y. and SJAKSTE, T., 2010. Proteins tightly bound to DNA: New data and old problems. Biochemistry (Moscow), 75(10), pp. 1240-1251.

SJAKSTE, T., TRAPINA, I., RUMBA-ROZENFELDE, I., LUNIN, R., SUGOKA, O. and SJAKSTE, N., 2010. Identification of a novel candidate locus for juvenile idiopathic arthritis at 14q13.2 in the Latvian population by association analysis with microsatellite markers. DNA and cell biology, 29(9), pp. 543-551.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHARIPOVA, J., LAUBERTE, L., SVIRINA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N., 2010. Influence of metformin on GLUT1 gene and protein expression in rat streptozotocin diabetes mellitus model. Archives of Physiology and Biochemistry, 116(3), pp. 137-145.

BELICKA, I., BLEIDERE, M., LEGZDINA, L., SUGOKA, O., SAMAVSKA, L. and Sjakste T. 2010. Allelic diversity of the beta-amylase gene Bmy1 in Latvian barley breeding lines. Acta Biol. Univ. Daugavp., 10(1), 17 - 22.

Personāls

Natalia Paramonova

Dr. biol., vadošā pētniece

Nikolajs Sjakste Dr., vadošais pētnieks
Evita Rostoka Dr., pētniece

Kristīne Ošiņa

M. Sc. biol. doktorantūras studente, pētniece

Jolanta Kalniņa M. Sc. med., pētniece

Kristīne Dokāne

M. Sc. biol. doktora zinātniskā grāda kandidāte, pētniece

Natalja Mjagkova doktorante, zinātniskā asistente
Elīna Ļeonova Mg.biol., doktorante, zinātniskā asistente