Genomikas un bioinformātikas laboratorija

 

Adrese: Jelgavas iela 1, LV-1004 Rīga

Tālrunis: +371 28303631

E-pasts: natalia.paramonova @lu.lv

Vadītājs: Dr. biol. Natalia Paramonova

 

Personāls

Laboratorijā strādā seši darbinieki, t.sk. pieci bioloģijas un medicīnas zinātņu doktori

Natalia Paramonova

Dr. biol., vadošā pētniece

Nikolajs Sjakste

Dr. habil. biol., vadošais pētnieks

Ilva Trapiņa

Dr.med., pētniece

Kristīne Dišlere

Dr. biol., pētniece

Samanta Pļaviņa

zinātniskā asistente

Elīna Ļeonova

Dr. biol., pētniece

Pētījumu virzieni
Pētniecība šajā laboratorijā ietver cilvēku un dzīvnieku genomikas un bioinformātikas jomas un apvieno teorētiskos un lietišķos pētījumus:

- molekulāro marķieru sistēmas attīstīšana: mikrosatelīti (MS), SNP-marķieri (viena nukleotīda polimorfismi) un genoma mobilie elementi (transpozoni un retrotranspozoni) lauksaimniecības dzīvniekos (govīs un citos);

- ģenētiskās daudzveidības novērtēšana lauksaimniecības dzīvniekos, izmantojot molekulāro marķieru genotipēšanu un haplotipu analīzi;

- ar marķieriem saistītas selekcijas (marker assisted selection, MAS) pielietošana lauksaimniecības dzīvnieku audzēšanas programmās;

- jaunu polimorfismu noteikšana saimnieciski nozīmīgu lauksaimniecības dzīvnieku iezīmju kandidātgēnos, izmantojot genomiskās DNS sekvencēšanu;

- asociāciju pētījumi kandidātgēnu polimorfismiem, kas saistīti ar cilvēku kardiovaskulārām, autoimūnām un metabolām slimībām.

Aprīkojums

Laboratorija ir iekārtota atbilstoši mūsdienu prasībām molekulārģenētiskiem pētījumiem, ietverot DNS genotipēšanu, klonēšanu un gēnu ekspresijas analīzi.

Līdzdalība studiju nodrošināšanā

Laboratorijas zinātnieki vada LU studentu kursa, bakalaura un maģistra darbus.

Projekti

2020–2022 - Taivānas-Lietuvas-Latvijas sadarbības projekts "D vitamīna un tā receptoru gēnu polimorfismu salīdzinošais pētījums Lietuvas, Latvijas unTaivānas bērniem un pieaugušajiem ar atopisko dermatītu un astmu".

2017–2020 - Eiropas Reģionālās attīstības aģentūras projekts: "Ar proteasomu saistīto ģenētisko, epiģenētisko un klīnisko multiplās sklerozes marķieru noteikšana".

2016–2020 - Latvijas Universitātes pētnieciskais projekts: "Biomedicīna, farmācija" apakšprojekts: "Proteasomu gēnu struktūra, ekspresijas un farmakogenomikas pētījumi".

2016–2018  -  ERA NET RUS programmas projekts: "Novērtējot jaunu polimerāzes Poly (ADP-ribozes) polimerāzes post-replicācijas modifikāciju un tās ietekmi uz pretvēža terapiju".

2014–2017 - Valsts pētniecības programma VPP-14-2-6 "Biomedicine" un VPP-2014-5-4 "EKOSOC-LV"

 VPP 2014/VPP2014-2017, 7. programma – Lauksaimniecības resursi ilgtspējīgai kvalitatīvas un veselīgas pārtikas ražošanai Latvijā (AgroBioRes), Apakšprojekts VP29.3. Vietējas izcelsmes slaucamo govju un cūku saimnieciski nozīmīgo pazīmju ģenētiskā izpēte kvalitatīvu pārtikas produktu ražošanai un dabīgas izcelsmes barības sastāvdaļu izstrāde un pārbaude (LOPKOPĪBA).

VPP 2014/VPP2014-2017, BIOMEDICINA, Apakšprojekts „DNS reparācijas fermentu molekulārģenētiskā un farmakoloģiska izpēte saistība ar metabolām slimībām” .

2013.– 2015.               ESF 2013/0043/1DP/1.1.1.2.0/13/APIA/VIAA/002.projekts „Jaunas starpnozaru grupas izveide efektīvu diabētiskas neiropātijas ārstēšanas līdzekļu meklējumiem”

2011. – 2013.              ERAF 2010/0315/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/026project „Autoimūno slimību agrīnās diagnostikas metodes izstrāde”

2011. – 2013.             Taiwan – Latvia – Lithuania cooperation project “Proteasomal gene alleles as risk factors for bronchial asthma in Latvian, Lithuanian and Taiwanese populations”

2010.– 2011.               Latvijas un Francijas (CNRS nodaļa UMR-8126) projekts OSMOSE „Functional significance of the repeats in 14q13.2 and 4q35 regions predisposed to human pathologies”

2007.– 2008.               NordPlus Neighbour Nordic-Baltic tīkla sadarbības projekts “Genomics for all:bringing new tools to breeders”

 

 

N. PARAMONOVA, J. KALNINA, K.DOKANE, K. DISLERE, I. TAPINA, T. SJAKSTE, N. SJAKSTE. Genetic variations in the PSMA6 and PSMC6 proteasome genes are associated with multiple sclerosis risk and response to interferon beta therapy in Latvians. Int J Mol Med. (2020), https://www.spandidos-publications.com/ijmm. Submitted, under review.

ZALIZKO P, STEFANOVICS J, SOKOLOVSKA J, PARAMONOVA N, KLAVINA E, ERTS R, ROVITE V, KLOVINS J, PUKITIS A, Therapeutic Advances in GastroenterologyThiopurine S-methyltransferase genetic polymorphisms in adult patients with inflammatory bowel diseases in the Latvian population. Ther Adv Gastroenterol 2020;Vol. 13: 1–8 DOI: 10.1177/ 1756284820937426.

N. PARAMONOVA, I.TRAPINA, K. DOKANE, J. KALNINA, T.SJAKSTE, N. SJAKSTE. An Intergenic rs9275596 Polymorphism on Chr. 6p21 Is Associated with Multiple Sclerosis in Latvians. Medicina 2020;Vol. 56, N 4, 154, p.1-11. DOI: 10.3390/medicina56040154.

SOKOLOVSKA, J., DEKANTE, A.,BAUMANE, L., PAHIRKO, L., DIŠLERE, K., ROVITE, PIRAGS, V., SJAKSTE N.Nitric oxide metabolism is impaired by type 1 diabetes and diabetic nephropathy,  Biomedical Reports, V12. Issue 5; doi.org/10.3892/br.2020.1288 , Pages: 251-258

SJAKSTE T, LEONOVA E, PETROVS R, TRAPINA I, RÖDER MS, SJAKSTE N. Tight DNA-protein complexes isolated from barley seedlings are rich in potential guanine quadruplex sequences. PeerJ. 2020;8:e8569. Published 2020 Feb 18. doi:10.7717/peerj.8569

 

BORISOVS, V., ĻEONOVA, E., BAUMANE, L. KALNIŅA, J., MJAGKOVA, N., SJAKSTE, N. 2019. Blood levels of nitric oxide and DNA breaks assayed in whole blood and isolated peripheral blood mononucleated cells in patients with multiple sclerosis. Mutation Research - Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis, Volume 843, 90-94.  

LEONOVA, E., OŠIŅA, K DUBURS, G, BISENIEKS, E., GERMINI, D. VASSETZKY, Y., SJAKSTE, N. Metal ions modify DNA-protecting and mutagen-scavenging capacities of the AV-153 1,4-dihydropyridine. Mutation Research - Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis. Volume 845,403077

SJAKSTE, T., ĻEONOVA, E., PETROVS, R., RÖDER, M.S., & SJAKSTE, N. (2019). Guanine-quadruplex-enriched sequences in the tight DNA-protein complexes of barley seedlings. Biopolym. Cell. 35(3):234-234

KAPPOS, L., BAR-OR, A., CREE, B.A.C., (…….), KALNINA, J., (………..), ZIEMAN, U.,ZIEMSSEN, T. 2018. Siponimod versus placebo in secondary progressive multiple sclerosis (EXPAND): a double-blind, randomised, phase 3 study. The Lancet. 391 (10127), 1263-1273  

GERMINI, D., TSFASMAN, T., ZAKHAROVA, V.V., SJAKSTE, N, LIPINSKI, M., VASSETZKY, Y.A 2018 Comparison of Techniques to Evaluate the Effectiveness of Genome Editing. Trends in Biotechnology 36(2), pp. 147-159  


LEONOVA, E., ROSTOKA, E., SAUVAIGO, S., BAUMANE, L., SELGA, T., SJAKSTE, N. 2018. Study of interaction of antimutagenic 1, 4-dihydropyridine AV-153-Na with DNA-damaging molecules and its impact on DNA repair activity. PeerJ, 6, e4609. 

LEONOVA, E., ROSTOKA, E., BAUMANE, L., BORISOVS, V., SMELOVS, E., BISENIEKS, I., BRŪVERE, I., BISENIEKS, E., DUBURS, G., SJAKSTE, N. 2018. DNA-binding studies of a series of novel water-soluble derivatives of 1, 4-dihydropyridine. Biopolymers and Cell, 34(2), 127-141.  

OŠIŅA, K., LEONOVA, E., ISAJEVS, S., BAUMANE, L., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., BISENIEKS, E., DUBURS, G., VIGANTE, B. and SJAKSTE, N., 2017. Modifications of expression of genes and proteins involved in DNA repair and nitric oxide metabolism by carbatonides [disodium-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine- 3,5-bis(carbonyloxyacetate) derivatives] in intact and diabetic rats. Arhiv za Higijenu Rada i Toksikologiju, 68(3), pp. 212-227.

GERMINI, D., SAADA, Y. B., TSFASMAN, T., OŠIŅA, K., ROBIN, C., LOMOV, N., RUBTSOV, M., SJAKSTE, N., LIPINSKI, M.and VASSETZKY, Y., 2017. A One-Step PCR-Based Assay to Evaluate the Efficiency and Precision of Genomic DNA-Editing Tools. Molecular Therapy-Methods & ClinicalDevelopment, 5, 43-50.

SJAKSTE, N., 2017. Experimental and human population studies of DNA lesions in healthy individuals. Biopolymers and Cell, 33(1), pp. 24–33.

DOKĀNE, K., MEGRE, D., LAZDĀNE, M. and KONDRATOVIČS, U., 2017. Influence of the Calcarisporium arbuscula Preuss on in vitro growth and ex vitro adventitious rooting of two elepidote rhododendron cultivars. Propagation of Ornamental Plants, 17(2):39-47.

GERMINI, D., SAADA, Y.B., OŠIŅA, K., TSFASMAN, T.,  ROBIN, C., SJAKSTE, N., LIPINSKI, M. and VASSETZKY, Y., 2016. A one-step PCR-based assay to evaluate efficiency and precision of genomic DNA-editing tools. Molecular Therapy - Methods & Clinical Development. 2016. PRESS

LEONOVA, E., SOKOLOVSKA, J., BOUCHER, J.-., ISAJEVS, S., ROSTOKA, E., BAUMANE, L., SJAKSTE, T. and SJAKSTE, N., 2016. New 1,4-Dihydropyridines Down-regulate Nitric Oxide in Animals with Streptozotocin-induced Diabetes Mellitus and Protect Deoxyribonucleic Acid against Peroxynitrite Action. Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology,119(1), pp. 19-31.

OŠIŅA, K., ROSTOKA, E., ISAJEVS, S., SOKOLOVSKA, J., SJAKSTE, T. and SJAKSTE, N., 2016. Effects of an Antimutagenic 1,4-Dihydropyridine AV-153 on Expression of Nitric Oxide Synthases and DNA Repair-related Enzymes and Genes in Kidneys of Rats with a Streptozotocin Model of Diabetes Mellitus. Basic and Clinical Pharmacology and Toxicology, .PRESS

SJAKSTE, T., KALNINA, J., PARAMONOVA, N., NIKITINA-ZAKE, L. and SJAKSTE, N., 2016. Disease-Specific and Common HLA and Non-HLA Genetic Markers in Susceptibility to Rheumatoid Arthritis, Type 1 Diabetes Mellitus and Multiple Sclerosis. Journal of Molecular and Genetic Medicine2016.

RAZIN, S.V., IAROVAIA, O.V, SJAKSTE, N., Sjakste, T., Bagdoniene, L., Rynditch, A.V., Eivazova, E.R., Lipinski, M., Vassetzky, Y.S. 2016. Chromatin domains and regulation of transcription. J Mol Biol. IN PRESS.

OŠIŅA, K., ROSTOKA, E., SOKOLOVSKA, J., PARAMONOVA, N., BISENIEKS, E., DUBURS, G., SJAKSTE, N. and SJAKSTE, T., 2016. 1,4-Dihydropyridine derivatives without Ca2+-antagonist activity up-regulate Psma6 mRNA expression in kidneys of intact and diabetic rats. Cell biochemistry and function, 34(1), pp. 3-6

PARAMONOVA, N., WU, L.S.S., RUMBA-ROZENFELDE, I., WANG, J., SJAKSTE, N. and SJAKSTE, T., 2014. Genetic variants in the PSMA6, PSMC6 and PSMA3 genes associated with childhood asthma in Latvian and taiwanese populations. Biopolymers and Cell, 30(5), pp. 377-387.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., RUMBA-ROZENFELDE, I., TRAPINA, I., SUGOKA, O. and SJAKSTE, N., 2014. Juvenile idiopathic arthritis subtype- and sex-specific associations with genetic variants in the PSMA6/PSMC6/PSMA3 gene cluster. Pediatrics and Neonatology, 55(5), pp. 393-403.

ZEMECKIENE, Z., SITKAUSKIENE, B., GASIUNIENE, E., PARAMONOVA, N., TAMASAUSKIENE, L., VITKAUSKIENE, A., SJAKSTE, T. and SAKALAUSKAS, R., 2015. Evaluation of proteasomal gene polymorphisms in Lithuanian patients with asthma. Journal of Asthma, 52(5), pp. 447-452.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T.,TRAPIŅA, I., OŠIŅA, K., PARAMONOVA, N. and SJAKSTE, N., 2015. Changes in glucose transporter expression and nitric oxide production are associated with liver injury in diabetes. Cell biochemistry and function, 33(6), pp. 366-374.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., WU, L.S., ZEMECKIENE, Z., SITKAUSKIENE, B., SAKALAUSKAS, R., WANG, J.-. and SJAKSTE, N., 2014. PSMA6 (rs2277460, rs1048990), PSMC6 (rs2295826, rs2295827) and PSMA3 (rs2348071) genetic diversity in Latvians, Lithuanians and Taiwanese. Meta Gene, 2(1), pp. 283-298.

KUPCA, S., SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N,. SUGOKA, O., RINKUZA, I., TRAPINA, I., DAUGULE, I., SIPOLS, A.J., and  RUMBA-ROZENFELDE, I., 2013. Association of obesity with proteasomal gene polymorphisms in children. J Obes. 2013;2013:638154. doi: 10.1155/2013/638154. Epub 2013 Dec 21. PubMed PMID: 24455213; PubMed Central PMCID: PMC3880696.

ZEMECKIENE,  Z., VITKAUSKIENE, A., SJAKSTE, T., SITKAUSKIENE, B. and SAKALAUSKAS, R., 2013. Proteasomes and proteasomal gene polymorphism in association with inflammation and various diseases. Medicina (Kaunas), 49(5), pp 207-213. PubMed PMID: 24247915.

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N. and SJAKSTE, N., 2013. Functional significance of microsatellite markers. Medicina-lithuania 49(12) pp. 505-509 

WU, LS., SJAKSTE, T., SAKALAUSKAS, R., SITKAUSKIENE, B., PARAMONOVA, N. ,GASIUNIENE, E.,  JAN, RL. and WANG, JY., 2012. The burden of allergic asthma in children: a landscape comparison based on data from Lithuanian, Latvian, and Taiwanese populations. Pediatr Neonatol, 53(5), pp 276-282.

SJAKSTE, N., BIELSKIENE, K., BAGDONIENE, L., LABEIKYTE, D., GUTCAITS, A., VASSETZKY, Y. and SJAKSTE, T., 2012. Tightly bound to DNA proteins: possible universal substrates for intranuclear processes. Gene,  492(1), pp 54-64.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHAPIROVA, J., LAUBERTE, L., ISAJEVA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N., 2012. Comparison of the Effects of Glibenclamide on Metabolic Parameters, GLUT1 Expression, and Liver Injury in Rats With Severe and Mild Streptozotocin-Induced Diabetes Mellitus. Medicin, 29(1), pp 55-63

SJAKSTE, T., PARAMONOVA, N., GRISLIS, Z., TRAPINA, I. and KAIRISA, D., 2011.  Analysis of the single-nucleotide polymorphism in the 5'UTR and part of intron I of the sheep MSTN gene. DNA Cell Biol.,  30(7), pp 433-44. Epub 2011 Feb 16. PubMed PMID: 21323579

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHARIPOVA, J., LAUBERTE, L., SVIRINA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N. (2011) Correction of glycaemia and GLUT1  level by mildronate in rat streptozotocin diabetes mellitus model. Cell Biochem Funct.,  29(1), pp 55-63. PMID: 21264891

KALENDAR, R., FLAVELL, A.J., ELLIS, T.H., SJAKSTE, T. and MOISY, C., 2011. Schulman AH.Analysis of plant diversity with retrotransposon-based molecular markers. Heredity,106(4), pp 520-530. PubMed PMID: 20683483; Central PMCID: PMC3183911.PMID:22001404.

SJAKSTE, N., BAGDONIENE, L., GUTCAITS, A., LABEIKYTE, D., BIELSKIENE, K., TRAPINA, I., MUIZNIEKS, I., VASSETZKY, Y. and SJAKSTE, T., 2010. Proteins tightly bound to DNA: New data and old problems. Biochemistry (Moscow), 75(10), pp. 1240-1251.

SJAKSTE, T., TRAPINA, I., RUMBA-ROZENFELDE, I., LUNIN, R., SUGOKA, O. and SJAKSTE, N., 2010. Identification of a novel candidate locus for juvenile idiopathic arthritis at 14q13.2 in the Latvian population by association analysis with microsatellite markers. DNA and cell biology, 29(9), pp. 543-551.

SOKOLOVSKA, J., ISAJEVS, S., SUGOKA, O., SHARIPOVA, J., LAUBERTE, L., SVIRINA, D., ROSTOKA, E., SJAKSTE, T., KALVINSH, I. and SJAKSTE, N., 2010. Influence of metformin on GLUT1 gene and protein expression in rat streptozotocin diabetes mellitus model. Archives of Physiology and Biochemistry, 116(3), pp. 137-145.

BELICKA, I., BLEIDERE, M., LEGZDINA, L., SUGOKA, O., SAMAVSKA, L. and SJAKSTE, T. 2010. Allelic diversity of the beta-amylase gene Bmy1 in Latvian barley breeding lines. Acta Biol. Univ. Daugavp., 10(1), 17 - 22.

1.“1,4-Dihidropiridīna atvasinājums DNS pārrāvumu novēršanai cukura diabēta apstākļos”.  Autoru saraksts: Evita Rostoka, Jeļizaveta Sokolovska, Nikolajs Sjakste, Tatjana Sjakste, Kristīne Ošiņa. (Nr. P-15-89; OSI-2015-007).

2.“A method and a kit suitable for determining that a human subject has or is at risk of developing type 1 diabetes mellitus”.Autoru sarakts: Tatjana Sjakste, Natalia Paramonova, Nikolajs Sjakste (European Patent Office, 80298 Minhene, Vācija; nr: 13192748.5-1404; ref. nr. LAP 2/2456) Statuss: ekspertīze.